rcssci包限制性立方样条-RR值-V0.4.0版

        最近写论文遇到要计算RR值及绘制对应的RCS曲线。笔者在此基础上更新了基于队列数据的RR值及相应rcs曲线，欢迎大家使用rcssci包V0.4.0版。

1 RR、OR、HR

        队列数据没有记录详细的time，或者不考虑删失数据，又或者是体检数据每年固定时间点统一集中收集一次数据，这样多个横断面构成的队列往往可以考虑更加精准的RR。此时，若用OR，点估计值偏大同时95%CI范围更偏大，尤其是事件率>10%(见下图) 的时候，反而容易造成假阴性结果。 

2 RR的正确估计

        RR是队列研究中一个很重要的指标，然而甚少资料专门讨论RR计算。为了避免大家误用，笔者采用“队列研究RR值”数据进行SAS9.4与R4.2.2的结果一一比较。RR标准计算是广义线性模型的log函数link，有公众号提供了phreg命令但是结果错误(神坑！)。Genmod的SAS 结果稳定可靠，可见案例文件hp的RR=1.77(1.01-3.12)。而若是采用logistic分析，OR=2.44(1.05,5.70)，置信区间更宽，点估计值更大了。R结果采用quasipoisson结果与SAS一致，而采用poisson会结果偏倚。笔者检索后发现，拟合模型的残差比自由度大很多，这个时候要使用quasipossion，即quasipossion更稳定， RR=1.77(1.04-3.15)与SAS结果几乎一致。

3 rcssci_quasipoisson使用

        rcssci包V0.4.0核心函数有4个，rcssci_cox、rcssci_logistic、rcssci_linear、rcssci_quasipoisson(新增) 。笔者内置了团队数据sbpdata.rdata文件，操作同公众号置顶的rcs系列文章(见“rcssci包横空出世，限制性立方样条V0.3.0版”等rcs系列)。为了更加方便说明，笔者本章同时也进行了详细说明。 

① 先加载rcssci v0.4.0包，可手动或自动下载。

② 使用rcssci_quasipoisson命令，一键搞定效应值为RR的poisson分析rcs绘制。

        prob推荐0.1，不写默认0.5。在setwd()工作路径下，自动输出4套RCS双坐标图分别为：fig. quasipoisson_proball.pdf，fig. quasipoisson _ushapall.PDF，fig. quasipoisson_nshapall.PDF，fig. quasipoisson_lshapall.PDF。当然，也可以使用命令rcs_logistic.prob，rcs_logistic.lshap，rcs_logistic.nshap，rcs_logistic.ushap一个个图选择性输出。

结果保留到你设置的工作目录下。PDF文件请用acrobat导出pptx，可任意DIY编辑（这是个SCI技巧）！图形解释说明也请查阅往期文章，写的很详细。

        从OR到RR到HR，rcs曲线呈现出从U到L型的转化，居然都有意义，但是证据等级不一样。所以，阳性结果在有限的资源和特定的群体下，可能仅仅是一个无限接近真相的发现而已。

4 R实战

setwd("D:/聂个人文件/我的公众号/RCS/rcssciv0.4.0-RR")
sbpdata <- rcssci::sbpdata
pacman::p_load(rcssci)
#一次输出4个PDF图，不设置knot则默认根据AIC最小全自动建模
rcssci_quasipoisson(data=sbpdata, y = "status",x = "sbp",prob=0.1,filepath="./temp")
#一次输出4个PDF图，设置knot=4（推荐3或4）则手动建模，注意，此时需要前期类似研究或者文章中多个rcs表众数knot
rcssci_quasipoisson(knot=4, data=sbpdata, y = "status",x = "sbp",prob=0.1,filepath="./temp")
#单个图单独输出，例如
rcs_quasipoisson.prob(knot=4,data=sbpdata, y = "status",x = "sbp",covs=c("age","gender"),prob=0.1,filepath= "bugfig")
#需要考虑某cov多参考水平，则as.factor即可。
rcs_quasipoisson.ushap(knot=4,data=sbpdata, y = "status",x = "sbp",covs=c("age", as.factor("gender")),prob=0.1,filepath= "bugfig")

5 tips

        上期V0.3.0 bug反馈与解决。还有朋友安装出现此Bug, unable to start device “cai_ro.pdf”。请关闭PDF重启跑一次, 有可能是rcssci包没安装好，重装一次RTools4.2和rcssci，也可能是需要安装adobe pdf reader或者 acrobat。笔者测试，也有概率是你的文件路径下有空格符，或者特殊符号，比如“D:/A 123”。原因不一定。

6 小结

注意RR计算的方法及推荐条件。

rcssci_quasipossion函数是RR效应量RCS曲线的利器，全球仅此一家哦，而且免费分享(有时候穷憨憨的我会想，自己是不是傻)。如果你觉得好，请动动你的小手，热心分享给你的小伙伴们吧。 

数据和代码索要请发送信息“rcssci包计算RR”。微信群福利请往期找。

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