自从4月份和UKB 内部message平台断连后,终于我在11月份历经20封邮件,UKB官方(access@ukbiobank.ac.uk, 遇到问题疯狂给他发邮件)终于回复我的迫切数据需求。可惜的是,不能再本地化下载数据了只能RAP分析,一声叹息之前忙乎的1年多下载流程攻略成了炮灰。好吧,迫于单位的高压政策和自己的确需要冲击下顶刊,不得不重新振作起来,把RAP平台再拾掇起来。
UKB(英国生物银行UK Biobank)网址https://www.ukbiobank.ac.uk。公众号前期介绍过国内医院和大学内卷UBK, 也介绍了UKB数据概况,这2篇推文都深受小伙伴欢迎(点红色字跳转)。
本来后面陆续要推出如何本地化下载数据的,奈何UKB在4月份开始整活了,整整8个月我才正式联系上对方。真是坑爹,从此后要新增列表数据只能在RAP上分析,已经在下本地的还能用1年。尽管如此,前期基础还是一样的,核心数据类型也几乎一致。
UKB数据库现在要求只能在UKB-RAP在线平台上进行分析,并且需要先完成2次考试+ MRC证书,考试达标80%才能后续给你账号权限。比如我的老账号了,但是profile→ course中是未完成状态,需要去完成后面的test,一定要登录自己账号点这个test!不要用别人发给你的链接,后台会绑定你的账号token识别你id身份。
另外新建UKB账号需要去UKB AMS系统注册登记,其中也会提示让你认证MRC证书https://bygsystems.net/mrcrsc-lms/login/signup.php,大家可以先注册上去备着。注册MRC后,登录网站https://bygsystems.net/mrcrsc-lms/course/view.php?id=71 学习视屏考试,其实只需要点下链接刷新就可以done了。MRC题库随机的不要乱打钩不然总通过不了,要达到70%正确率。下列是我尝试几次后的题库答案。通过后记得点击认证获取证书。
课程是ukb介绍和rap介绍,完全小白的同学可以看一下,也可以看看公众号的UKB系列文章更强更全。下面是我做的100%正确的答案,大家可以照着打钩。
经过上面一顿骚操作,终于跨过门槛,进入RAP平台。账号初始40英镑,尽量写好代码再跑,用完要充值!如果不想充值,还可以参与UKB金融基金——全球研究人员获取基金和英国生物银行平台学分计划,前者没有china(不算发展中国家了…),后者分为入门、增强积分2种,入门立即免费赠送1000英镑(感动不已)!1000英镑用于抵消计算和存储成本,有效期为一年,且仅能申请一次。用完入门积分后,如果研究需要更多资源,可以申请增强积分。这些积分需要审批,通常以1000英镑的倍数发放,也用于支付计算和存储费用。研究过程中可以多次申请增强积分(真的福利)。第一期将于 2022年1月1日至2025年6月1日运行。研究人员可以随时提出平台积分请求,但请求每季度进行一次审核。
这里再次强调,千万别自己下载bulk原始数据!UKB给我发了明确邮件了,要求承诺只在RAP上分析数据,后果自付。下载记录是有log日记的!你不在RAP分析,别人赚啥钱。服务器,选择SSD模式,32g内存372g硬盘就好。
随着UKB的本地数据权限收紧,并且要求SCI提供rap代码溯源,黑盒子的R包存在退稿风险,这里得提前打个预防针。另外小伙伴也说过,黑盒子其实学不到什么东西,科研设计水很深,黑盒子R包作者自己可能都没搞明白求知精神欠缺。所以,还是许多小伙伴选择了来公众号学习。比如,实战医学统计开设的A款统计课程和C款写作课程,口碑含金量都是爆炸的,知识点专业求知求精求新。
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