MIMIC-IV申请与数据库部署+一键分析工具

原创陈刚、聂志强实战医学统计2025-03-30 11:19:09广东

我在前一期介绍了MIMIC-IV的临床及影像资料获取教程，公共数据库MIMIC-IV申请与部署全流程-1。许多小伙伴已经拿到了数据，下面我们继续详细分享数据库本地如何部署。本文内容超长，Sql部署全部代码，一键数据库分析工具见文末福利。

一、MIMIC介绍

MIMIC-III数据库收集了BIDMC医院2001年6月至2012年10月期间，收治的53,423例成年患者数据，以及2001年至2008年间收治的7,870例新生儿重症患者数据。MIMIC-IV数据库在MIMIC-III成年患者数据的基础上做了诸多改进，包括数据的更新与部分表格的重构。MIMIC-IV数据库收集了2008至2019年间BIDMC医院收治的超过19万名患者和45万次住院记录，涵盖了详细的临床数据，如人口统计信息、实验室检查结果、用药情况、生命体征、手术操作、疾病诊断、药物管理和随访生存状态等。

二、临床+影像部署

我将流程1攻略提供的官网素材或公众号百度网盘数据下载的MIMICIV数据压缩文件（临床文件与note文件）在解压后，都放在了D:/MIMICIV文件夹下。

下图中展示如何通过代码进行数据库部署：

“
1号文件 mimic-iv：Github下载的MIMIC IV临床数据部署脚本压缩包，解压后，单独拿出该文件夹
2号文件 mimic-iv-3.1：MIMIC IV 3.1版本的临床数据压缩包，直接解压
3号文件 mimic-iv-note：Github下载的MIMIC IV影像学检查部署脚本压缩包，解压后，单独拿出该文件夹
4号文件 note数据：MIMIC版本的影像学检查数据压缩包，解压后单独拿出该文件夹

2.1 数据部署

0?? 登陆SQL管理软件

首先，我们需要在SQL Shell (psql)中输入一系列命令进行数据库的初始化。打开SQL Shell (psql)，按4下回车键（或者一直按回车键，看到口令出现时），输入密码。注意：输入时密码不可见。输入密码后，再一次按回车键，进入数据库部署界面。注意：SQL语言Win系统下路径的分割符号是“/”，此外，还要注意检查路径是否出现空格。注意，每次进入软件都需要重复以上步骤。

1?? 初步构建mimiciv

Sql部署全部代码见文末福利。出现COPY就代表已经开始成功部署了。

2?? 构建索引视图

为了提高数据库的查询效率，建议在加载完成后安装索引视图。 -- 关闭重启（也可以不重启，但是可能会出现乱码） -- 重启需重新连接mimiciv数据库，重复4次回车。 \c mimiciv; set search_path to mimiciv; -- 加载完成后，建议安装索引以提高对数据库的查询速度 \i 'D:/MIMICIV/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql'

3?? 建立数据库物化视图

通过建立物化视图（Navicat软件中称实体化视图），我们可以将sql脚本查询的结果存入本地数据库，以便后续的管理。在你的命令文件夹中，打开命令提示符（cmd）进行操作。从文件夹路径栏输入cmd并按回车，进入命令行界面。

“
-- 访问数据库 psql -U postgres -p 5432 –-此后输入密码 --连接到 mimiciv 数据库并运行物化视图创建脚本 \c mimiciv; set search_path to mimiciv; -- 生成函数 \i 'postgres-functions.sql' -- 视图 \i 'postgres-make-concepts.sql'

4?? 建立note视图（影像检查数据）

最后，我们构建影像学相关的视图。

“
-- 重启需重新连接mimiciv数据库 \c mimiciv; set search_path to mimiciv; --创建表格（\i后面填写你电脑中creat.sql存放的位置） \i 'D:/MIMICIV/mimic-iv-note/buildmimic/postgres/create.sql' -- 以下是note文件所在路径 \set mimic_data_dir 'D:/MIMICIV/note' \i 'D:/MIMICIV/mimic-iv-note/buildmimic/postgres/load_7z.sql'

根据计算机配置的不同，执行以上操作可能需要几个小时，甚至更长时间，请耐心等待。确认部署成功部署完成后，打开 pgAdmin 4，在左侧的 Schemas 栏下找到 mimiciv，查看是否成功部署了数据库。比如，在 mimiciv_hosp 下，若 Tables 栏下出现多张数据表，则说明部署成功。此时，你就可以开始检索并导出感兴趣的数据了。

5?? 特定疾病患者的数据提取

下面是一个提取同时患有肺栓塞和糖尿病的患者数据的案例。

打开 pgAdmin 4，点击代码编辑器界面。输入以下查询语句，提取患有肺栓塞且糖尿病患者的数据：

-- 合并症提取方法
-- y1是肺栓塞的名单

with y1 as (
    SELECT d.subject_id, d.hadm_id
    FROM mimiciv_hosp.diagnoses_icd d
    WHERE d.icd_code in ('41519', 'I2699', '41511', '41512', 'I2692', 'I2690', '41513', 'I2609', 'I2602', 'I2693', '67382')
), 
    -- -- y2是第二次入肺栓塞的名单
y2 as (
    SELECT y1.subject_id, y1.hadm_id
    FROM y1
    INNER JOIN mimiciv_derived.icustay_detail i 
    ON y1.subject_id = i.subject_id 
    AND y1.hadm_id = i.hadm_id
    WHERE i.first_icu_stay in ('t')
),
    -- -- y3是是否患有2型糖尿病的名单（图片中的表格第三列1表示是，其他情况表示否）
y3 as (
    SELECT d.subject_id, d.hadm_id,
        CASE WHEN d.icd_code is not null THEN 1
        ELSE 0
        END AS Diabetes
FROM mimiciv_hosp.diagnoses_icd d
--糖尿病的ICD编码，都是E11开头
    WHERE d.icd_code like 'E11%'
)
SELECT y2.subject_id, y2.hadm_id, y3.Diabetes
FROM y2
LEFT JOIN y3 
    ON y2.subject_id = y3.subject_id 
    AND y2.hadm_id = y3.hadm_id